Jawatan Popular

Pilihan Editor - 2019

Analisis urutan mengenal pasti perubahan genomik dalam precancer kolorektal

Anonim

Susunan keseluruhan-exome kedua-dua adenomas kolorektal (precancers sering dipanggil polip) dan mukosa usus berisiko untuk berkembang menjadi adenomas daripada pesakit dengan poliposis adenomatous familial (FAP) telah menghasilkan gambaran yang komprehensif mengenai perubahan genomik yang mencirikan evolusi mukosa biasa untuk pencerna . Penyelidikan Pencegahan Kanser, jurnal Persatuan Penyelidikan Kanser Amerika, menerbitkan kajian oleh penulis Eduardo Vilar, MD, PhD, pembantu profesor di Jabatan Pencegahan Kanser Klinikal di Universiti Texas MD Anderson Cancer Center di Houston, dan Paul Sche, PhD, profesor bersekutu di Jabatan Epidemiologi di Universiti Texas MD Anderson Cancer Center.

iklan


Kanser kolorektal berkembang dari adenomas akibat pengambilalihan berikutan perubahan genomik, menurut Vilar. Kami mempunyai pandangan yang komprehensif mengenai perubahan genomik kanser kolorektal, terima kasih kepada projek-projek seperti The Genome Atlas Cancer (TCGA), tetapi jauh kurang diketahui mengenai susunan pengubahan genomik ini kerana landskap genomik adenomas dan mukosa yang berisiko telah mencabar untuk mencirikan, jelasnya.

Vilar, Scheet, dan rakan sekerja menggunakan penjujukan keseluruhan untuk menganalisis 25 adenoma, 10 sampel mukosa bersebelahan dengan adenomas (mitosis yang berisiko), dan 12 sampel darah dari 12 pesakit dengan FAP.

Para penyelidik mengenal pasti sejumlah 2, 314 perubahan genomik berbeza dalam adenomas dan 279 perubahan genomik yang berbeza dalam mukosa yang berisiko. Antara perubahan genomik ini, masing-masing 2, 067 dan 268 adalah mutasi somatik, yang berubah kepada asas tunggal (unit yang membentuk DNA). Kekerapan mutasi somatik adalah 83 setiap adenoma dan 27 per sampel mukosa berisiko, yang mengakibatkan kadar mutasi rata-rata 1.75 dan 0.49 setiap megabase DNA, masing-masing.

Analisis data penjujukan keseluruhan dari 107 kanser kolorektal dalam TCGA menunjukkan bahawa kanser kolorektal mempunyai kadar mutasi bermakna yang lebih tinggi daripada adenomas. Satu subtipe mempunyai kadar mutasi min 4.26 setiap megabase DNA dan satu lagi subtype ialah kadar mutasi min 50.88 setiap megabase DNA.

Banyak perubahan genomik dalam adenoma adalah dalam gen yang diketahui mempunyai peranan dalam membangkitkan kanser, dan menurut Vilar, pasukan penyelidikan telah menganggarkan dari datanya bahawa hampir 25 peratus mutasi somatik dalam adenomas sudah ada di at- mukosa risiko.

"Kajian kami menyediakan para penyelidik dengan katalog perubahan genom yang mendahului perkembangan kanser kolorektal pada pesakit dengan FAP, keadaan genetik di mana pesakit mempunyai peluang 100 persen untuk mengembangkan kanser kolorektal pada suatu tahap awal dalam kehidupan mereka, " kata Vilar . "Ini mengenal pasti banyak molekul untuk menyiasat sebagai sasaran yang berpotensi untuk terapeutik pencegahan kanser kolorektal. Ejen-ejen chemopreventive seperti ini boleh memberi manfaat bukan hanya pesakit dengan poliposis adenomatous familial, tetapi juga orang dewasa yang mempunyai polip dikeluarkan dan mereka berisiko tinggi untuk kanser kolorektal yang menurunkan pemeriksaan.

"Maklumat kami memberikan pemahaman yang lebih baik mengenai urutan kejadian genetik dalam premarignancy kanser kolorektal, " tambah Vilar. "Ini merupakan langkah penting kerana terdapat minat dalam komuniti pencegahan kanser dalam membangunkan 'Atlas Genom Pra-Kanser' yang mencerminkan maklumat untuk kanser invasif yang ada di TCGA."

Menurut Vilar, dua keterbatasan utama kajian ialah adenomas dianalisis adalah semua daripada pesakit dengan FAP dan tidak ada 100 peratus kepastian bahawa analisis adenoma akan menjadi kanser invasif. Untuk menangani kedua-dua isu ini, Vilar berkata bahawa pasukan penyelidikan merancang untuk menganalisis adenoma daripada individu yang tidak mempunyai FAP (iaitu populasi umum) dan komponen adenoma dari kanser kolorektal yang telah diketuai.

iklan



Sumber Cerita:

Bahan yang disediakan oleh Persatuan Amerika untuk Penyelidikan Kanser . Nota: Kandungan mungkin diedit untuk gaya dan panjang.


Rujukan jurnal :

  1. Ester Borras, F. Anthony San Lucas, Kyle Chang, Ruoji Zhou, Gita Masand, Jerry Fowler, Maureen E. Mork, Y. Nancy You, Melissa W. Taggart, Florencia McAllister, David A. Jones, Gareth E. Davies, Winfried Edelmann, Erik A. Ehli, Patrick M. Lynch, Ernest T. Hawk, Gabriel Capella, Paul Scheet, dan Eduardo Vilar. Landskap Genomic of Mucosa Colorectal dan Adenomas . Penyelidikan Pencegahan Kanser, Mei 2016 DOI: 10.1158 / 1940-6207.CAPR-16-0081