Jawatan Popular

Pilihan Editor - 2019

Analisis crosstalk rangkaian biologi untuk anotasi laluan yang lebih baik

Anonim

Penyelidik di Universiti Stockholm dan Makmal Sains untuk Life telah membangunkan algoritma komputer baru untuk menganalisis fungsi gen yang dipanggil BinoX, yang telah diterbitkan dalam Penyelidikan Asid Nukleat pada 22 September (Ogris et al., 2016a). Kaedah ini, yang dikembangkan oleh kumpulan penyelidik Profesor Erik Sonnhammer, mengaitkan senarai gen yang diperoleh secara eksperimen dan laluan yang diketahui. Ia melakukannya dengan cara yang baru, dengan menggunakan rangkaian gen besar dan menentukan jika senarai gen dan laluan mempunyai lebih banyak rangkaian daripada yang diharapkan, menggunakan taburan binomial. Ini adalah kemajuan penting berbanding kaedah sebelumnya, dan sebagai hasil BinoX menghasilkan ketepatan yang lebih baik. Khususnya, peningkatan berbanding kaedah pengayaan bertindih gen biasa digunakan secara besar-besaran; sensitiviti itu dinilai untuk meningkat lebih daripada 60 kali pada masa yang sama kerana kadar positif palsu dikurangkan menjadi sifar.

iklan


Makalah ini menunjukkan bagaimana BinoX boleh digunakan untuk mencari penjelasan jalur laluan biologi yang bermakna bagi set gen daripada kanser dan penyakit lain, yang tidak dijumpai oleh kaedah lain.

"Kami percaya bahawa kaedah baru kami akan merevolusikan cara para penyelidik melakukan analisis laluan dan menghasilkan banyak pandangan fungsional yang baru. Alat yang biasa digunakan hari ini adalah berdasarkan kepada kaedah overlap gen yang sangat terhad dan tidak boleh dipercayai. ia sering mendapati laluan yang tidak betul. Sebabnya ialah ia menggunakan kaedah statistik untuk data yang sangat jarang yang melanggar anggapan statistiknya. " kata Erik Sonnhammer.

Untuk membuat BinoX boleh digunakan secara langsung untuk penyelidik lain, pelayan web awam //PathwaX.sbc.su.se (Ogris et al., 2016b) telah disediakan untuk analisis laluan dalam talian satu set gen tunggal, yang menggunakan algoritma BinoX untuk semua laluan KEGG dan rangkaian FunCoup. Pangkalan data rangkaian FunCoup (//FunCoup.sbc.su.se) mengenai gandingan berfungsi antara gen dan produk gen juga dibangunkan oleh kumpulan Erik Sonnhammer. Ia pada masa ini mengandungi rangkaian komprehensif untuk manusia dan 10 organisma model. Sebagai contoh, rangkaian manusia terdiri daripada lebih daripada 18000 gen / protein yang disambungkan kepada satu sama lain dengan lebih daripada 4 juta pautan.

"BinoX berfungsi dengan baik kerana ketumpatan tinggi rangkaian FunCoup, yang memungkinkan untuk mencari banyak rangkaian rangkaian berfungsi antara set gen, walaupun mereka tidak mempunyai gen yang dikongsi. Ini memberikan kuasa statistik dan memungkinkan untuk mendapatkan pengayaan secara statistik secara signifikan daripada crosstalk. " kata Erik Sonnhammer.

iklan



Sumber Cerita:

Bahan yang disediakan oleh Universiti Stockholm . Nota: Kandungan mungkin diedit untuk gaya dan panjang.


Rujukan jurnal :

  1. Christoph Ogris, Dimitri Guala, Thomas Helleday, Erik LL Sonnhammer. Kaedah baru untuk analisis crosstalk rangkaian biologi: meningkatkan ketepatan anotasi laluan . Penyelidikan Asid Nukleat, 2016; gkw849 DOI: 10.1093 / nar / gkw849
  2. Christoph Ogris, Thomas Helleday, Erik LL Sonnhammer. PathwAX: pelayan web untuk penjelasan laluan berasaskan crosstalk rangkaian . Penyelidikan Asid Nukleat, 2016; 44 (W1): W105 DOI: 10.1093 / nar / gkw356